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Inovação

Abordagens genéticas e genómicas estão a desempenhar um papel cada vez mais importante em todas as fases do diagnóstico e tratamento da doença oncológica. São abordagens que forma a base da Oncologia de Precisão, mas que geram desafios bioinformáticos e laboratoriais importantes.

A Ophiomics – Precision Medicine desenvolveu uma metodologia de desenvolvimento de testes genéticos e genómicos que lhe permite conceber, implementar e optimizar testes de apoio à decisão clínica em oncologia de precisão que se podem realizar:

  • de uma forma mais eficiente
  • com melhor qualidade nos resultados
  • com uma interpretação mais aprofundada e relevante

Esta metodologia é baseada em duas componentes – software desenvolvido de raiz (a plataforma OphiDX®) e optimização de processos laboratoriais na genética e genómica de tumores sólidos, e especialmente da biópia líquida. Com base nesta metodologia, a Ophiomics- Precision Medicine desenvolve e implementa atualmente uma plataforma inovadora de oncologia de precisão, com o objectivo de responder às necessidades cínicas. 

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Plataforma

A plataforma OphiDx®

É uma plataforma de software desenvolvida de raiz pela equipa de bioinformática da Ophiomics que permite implementar uma oncologia de precisão baseada em evidência sólida e actualizada.

dados  Agregação de dados

Integração de resultados – Integração numa única plataforma de resultados de múltiplas técnicas moleculares: NGS, Sanger, MLPA®, PCR, qPCR, etc., permitindo uma análise integrada de todos os resultados de cada doente.

Integração de dados científicos– Integração local automática das bases de dados internacionais mais relevantes de variantes e seu efeito, de ensaios clínicos, de dados populacionais, de recomendações de colégios de especialidade, de algorítmos bioinformáticos, que são apresentados ao especialista de forma estruturada, permitindo uma análise mais aprofundada.

Integração de dados clínicos – Integrando horizontalmente todo o processo clínico para permitir uma análise de resultados mais integrada com toda a informação pertinente sobre o doente.

intel Computational Intelligence

Suporte à decisão – Implementação de metodologias de machine learning e inteligência artificial para anotar variantes e pré-interpretar o seu efeito de acordo com múltiplas fontes de dados, com apresentação estruturada para análise e decisão dos especialistas

Relatórios automáticos – Preenchimento automático de relatórios com informação estruturada e pré-interpretada, permitindo que o processo de análise se concentre naquilo que só um especialista pode fazer – tomar decisões com base em informação pertinente e estruturada.

Resultados estruturados – Informação organizada por forma simplificar o trabalho do médico, com  informação clara, concisa e pertinente para a decisão clínica, oferecendo separadamente uma descrição pormenorizada dos resultados, interpretação e metodologia para que médico e doente possam, se assim o desejarem, perceber os detalhes da recomendação oferecida.

Re-classificação de variantes – A classificação da cada variante é re-calculada automaticamente a cada 6 meses para todos os doentes na base de dados, permitindo alertar o médico caso haja alguma alteração relevante para o doente.

qual Qualidade

Historial da mutação – Cada artigo consultado, cada actualização de base de dados, cada decisão relativa a cada variante são guardados no sistema, e ficam disponíveis tanto para os processos automáticos de interpretação bem como para a decisão do especialista.

Pacientes semelhantes – O sistema de comparação alerta para doenças e doentes que apresentam semelhanças moleculares, aumentando a consistência nos resultados produzidos, ao mesmo tempo explicitando semelhanças que podem sugerir caminhos terapêuticos alternativos.

Standardização da interpretação de variantes – A plataforma de anotação automática, em conjunto com a memória do sistema relativamente a decisões anteriores permite uma análise rápida, exata, precisa e reprodutível.

opti Optimização laboratorial

Integração com HL7 – A adoção do standard Health Level-7 (HL-7) permite interação simples com sistemas de administração laboratorial externos.

Do doente até ao relatório – O estado de cada amostra pode ser seguido desde a entrada no laboratório até á emissão do relatório, assegurando a identificação de estrangulamentos laboratoriais, compassos de espera, etc, permitindo assim uma optimização de procedimentos laboratoriais.

Optimização de equipamentos e consumíveis – As amostras disponíveis para análise, o seu grau de urgência relativo a tempos pré-definidos por análise, a disponibilidade de equipamentos e capacidade de chips de sequenciação são integrados para assegurar a máxima qualidade e rapidez sem aumentos de custos.

lab No laboratório

Na implementação de um pipeline laboratorial no Centro de Medicina Laboratorial Germano de Sousa, A Ophiomics apostou ainda em desenvolver uma abordagem diferenciadora:

Investimento em tecnologia – Aposta na vanguarda da tecnologia, optando pelo uso de equipamentos sofisticados, maioritariamente robotizados. Esta estratégia permite a otimização dos tempos de resposta para todos os serviços prestados, bem como evitarem-se potenciais falhas dos operadores.

Garantia na qualidade dos resultados – Como forma de garantir a qualidade dos resultados prestados, a Ophiomics e a CMLGS apostaram num serviço de Gestão da Qualidade implementando controlos de qualidade internos (CQI) e participando em programas de avaliação externa da qualidade.

Qualificação dos profissionais – Uma equipa especializada, na sua maioria doutorados, onde médicos, bioinformáticos e especialistas em genómica colaboram para desenvolver métodos de trabalho que assegurem a melhor qualidade para o doente.

Investigação

A Ophiomics aposta na inovação, investindo em investigação para o desenvolvimento de novos e melhores serviços de diagnóstico, capazes de responder às necessidades do doente e da comunidade médica. Esta investigação é feita na própria Ophiomics e em colaboração com centros académicos e clínicos.

  • Apoio à investigação em genómica humana – projectos de investigação e contratos de investigação

    A Ophiomics disponibiliza um conjunto de serviços em torno das tecnologias de genómica e bioinformática no apoio à investigação em saúde humana, e posiciona-se com um parceiro “industrial” em projetos de investigação. A Ophiomics aposta na inovação, desenvolvendo projetos próprios na área das doenças crónicas incluindo a oncologia. Neste momento estamos empenhados no desenvolvimento de […]

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  • I&D em Bioinformática Clínica

    O desenvolvimento das tecnologias de sequenciação de ADN por tecnologia de nova geração (NGS – Next Generation Sequencing) permite de forma rápida e com grande redução de custos ler a informação genética de uma qualquer amostra, seja para estudar um risco genético, para prever a probabilidade de resposta a um fármaco, ou mesmo no contexto […]

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Biópsia Líquida

biópsia tissular é um procedimento cirúrgico em que se obtém uma amostra de tecido para estudo laboratorial, tipicamente utilizado em oncologia para o diagnóstico e estratificação do tumor e para escolha de terapia com base na informação genética deste. É um procedimento invasivo, nem sempre representativo de toda a heterogeneidade do tumor primário ou da doença metastática, por vezes impossível de realizar por dificuldade de acesso ou inexistência de massa tumoral suficiente, podendo também originar algumas complicações como hemorragia, infecção e a formação de fístulas.

Biópsia Líquida é uma alternativa recente e em alguns casos superior à Biópsia tissular. Nesta abordagem isolam-se fragmentos de ADN tumoral do sangue, resultantes de vários processos que geram que os tumores sólidos estejam continuamente a libertar pequenas quantidades do seu material genético para a circulação sanguínea.

A Biópsia Líquida:

  • É representativa de toda a doença, pois todas as massas tumorais libertam ADN para a circulação
  • É pouco invasiva, necessitando de apenas uma análise ao sangue
  • É compatível com estudos continuados para monitorização de respostas

A Ophiomics- Precision Medicine apostou no desenvolvimento da biópsia líquida para o apoio à decisão clínica no contexto de uma oncologia de precisão, implementando painéis de PCR quantitativo para detectar mutações pré-definidas, e desenvolvendo testes de pesquisa alargada de eventos mutacionais que aportem informação relevante na escolha terapêutica, na forma de painéis de genes caracterizados por NGS.

Em termos de painéis de sequenciação, área onde a Ophiomics mais apostou na inovação, implementámos:

  • Panoramas mutacionais para identificar novos caminhos terapêuticos, por exemplo eligibilidade para ensaios clínicos
  • Teste BRCAness para prever resposta aos inibidores das PARP
  • Sequenciação do genes Her2 para detectar mutações ativadoras e aferir possível benefício de tratamento com fármacos que normalmente são usados em tumores com amplificações deste gene
  • Sequenciação do gene do receptor de estrogénio para detectar o aparecimento de resistências à terapia hormonal

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A implementação da biópsia líquida que levanta porém desafios importantes:

A nível laboratorial:

1) A avaliação e optimização de metodologias experimentais de isolamento de ADN e ARN circulantes.

2) Implementação de métodos de avaliação de qualidade ADN e ARN circulantes

3) Implementação de métodos para superar os problemas gerados pelas tipicamente baixas quantidades de ADN e ARN circulantes.

4) Validação de painéis relativamente a qualidade, sensibilidade, reprodutibilidade.

A nível de bioinformático:

1) A quantificação de cada variante

2) A definição de níveis basais de ccfDNA e de cada variante

3) A integração de dados – bases de dados de referência e literatura científica

4) A previsão Bioinformática de impacto de cada variante

5) A detecção de assinaturas mutacionais

6) A detecção de amplificações somáticas

7) A identificação automática ensaios clínicos

A Ophiomics desenvolveu uma plataforma bioinformática, a OphiDX®, onde metodologias de integração de dados e de aprendizagem automática permitem reduzir a complexidade de cada análise e revelar informação útil na definição do melhor caminho para o doente.

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